企劃經理科

1. 本國家公園計畫之擬訂、規劃、執行、檢討及變更。
2. 本國家公園區域（以下簡稱本區域）內土地分區使用申請案件之審核。
3. 本區域內土地利用規劃及使用管制之研擬。
4. 本區域內用地之取得。
5. 本區域內國家公園事業之規劃。
6. 國家公園法規蒐集研究整理及編纂。
7. 違反國家公園法事項之處理。
8. 本區域內違章建築之查報認定。
9. 其他有關企劃經理事項。

保育研究科

1. 本區域內自然生態之保育研究及調查監測計畫之執行。
2. 本區域內自然資源、地形、地質、人文史蹟之調查、登錄、研究及管理。
3. 本區域內瀕臨滅絕、稀有之野生動物及植物復育計畫執行。
4. 本區域內學術研究採集申請之核發及管理。
5. 本處圖書期刊資料之建立管理。
6. 本區域內保育觀測研究站之管理。
7. 進入生態保護區入園許可之執行。
8. 本區域內違法盜採、盜獵、盜伐等危害毀損自然資源與人文資源行為之處理復舊及監督。
9. 其他有關保育研究事項。

環境維護科

1. 本區域內各項設施及維護工程之規劃。
2. 本區域內各項設施與維護工程之測量設計、發包、施工及監督。
3. 本區域內經管土地之防災治理工程。
4. 本區域內各項建築管理及違章建築之拆除。
5. 本區域內各項建築物建築執照核發。
6. 其他有關環境維護事項。

遊憩服務科

1. 本區域內遊憩區之經營管理。
2. 本區域內遊憩事業之推動及督導。
3. 本區域內遊憩設施之維護管理。
4. 各遊客服務中心與收費站之經營管理及督導。
5. 本區域內遊客安全維護工作之協助及執行。
6. 本區域內門票與公園設施收費標準之研訂及收費管理。
7. 本區域內有關生態旅遊推動。
8. 其他有關遊憩服務事項。

解說教育科

1. 本區域內解說系統與環境教育之規劃、研究及推廣。
2. 解說資訊、生態資源與環境教育專書之編印、視聽媒體之設計及製作。
3. 本區域內自然資源與人文史蹟資料之蒐集、編製、貯存及解說展示。
4. 解說人員專業訓練課程之策劃、執行及合格證書之核發。
5. 本區域內生態保育宣導之策劃及遊客解說服務。
6. 國家公園環境教育計畫之擬訂及執行。
7. 其他有關解說教育事項。

入園服務小組

1. 申請進入生態保護區之許可事項。
2. 排雲山莊住宿清潔費退費之審核事項。
3. 外籍人士申請入園服務事項。
4. 專案服務事項。
5. 配合行政院中央災害應變中心成立，辦理相關配合事項。
6. 其他交辦事項。

行政室

1. 本處公文處理、公文流程（時效）管理等事項。
2. 本處印信典守事項。
3. 本處檔案管理事項。
4. 本處出納、零用金業務管理事項。
5. 本處經管國有公用財產、物品管理事項。
6. 本處公務車輛調派、油料及維護管理等事項。
7. 本處技工、工友管理事項。
8. 本處辦公處所及宿舍管理事項。
9. 本處財（勞）物採購及發包作業等事項。
10. 本處一般庶務水、電、電信等申請、管理事宜。
11. 本處會議室管理事項。
12. 本處廳舍公共安全管理暨清潔維護事項。
13. 本處總機、訪客服務、業務諮詢等事宜。
14. 本處資訊業務(含資通安全、官方網站、資訊系統、軟硬體、網路環境、教育訓練)整體規劃、推動及執行。

主計員

1. 概（預）算、分配預算、追加（減）預算與決算之策劃、彙編及報核事項。
2. 歲入、歲出預算之執行及控制事項。
3. 歲入、歲出各項會計簿籍與記帳憑證之登錄、編製及保管事項。
4. 歲入、歲出各項會計報告之編製、報核及送審事項。
5. 各項經費支出原始憑證之審核、保管及送審事項。
6. 營繕工程及購置、定製、變賣財物案件之會同監辦事項。
7. 各項資產、負債科目收支之審核及處理事項。
8. 財務收支內部審核事項。
9. 經費流用、歲出應付款與預備金動支之審核及申報事項。
10. 專案動支經費與行政院統籌科目經費之審核及申報事項。
11. 歲入、歲出預算收支執行狀況月報、績效報告之彙編及報核事項。
12. 會計人員之遷調、訓練、考核及獎懲之報核事項。
13. 兼辦統計事項。
14. 其他有關歲計、會計事項。

人事管理員

1. 本處組織編制及員額分配事項。
2. 本處職務歸系及加強職務功能事項。
3. 本處職員任免、遷調、銓審及俸給事項。
4. 本處職員差假、勤惰及品德生活之管理、考核事項。
5. 本處職員考績、獎懲事項。
6. 本處職員訓練、進修及考察事項。
7. 本處員工出國案件之辦理事項。
8. 本處員工文康活動之辦理事項。
9. 本處各項福利、補助（互助）、津貼、公務人員保險事項。
10. 本處職員退休、資遣及撫卹事項。
11. 本處人事資料之登記、管理事項。
12. 其他有關本處人事管理事項。