臺灣黑熊
黃喉貂
金芒管鼻蝠
臺灣水鹿
臺灣山豬
臺灣野山羊
臺灣獼猴
鳥類
灰林鴞
蒼鷹
赤腹鷹與灰面鵟鷹
爬行類
兩棲類
昆蟲類-蝴蝶
園區蝴蝶種類有289 種,其中鳳蝶科 27 種,粉蝶科 31 種,灰蝶科74 種,蜆蝶科2種,蛺蝶科109種,弄蝶科有 46 種;累計約占臺灣全部蝴蝶種類之一半以上。在塔塔加鞍部及八通關至東埔間之古道上,因地形與食物供應充足之關係,常吸引大批蝴蝶出現,形如「蝶道」,極具觀賞與研究價值。
何氏棘鲃