一、玉山國家公園計畫範圍內之資源與土地利用，除依國家公園法及其施行細則之規定管制外，應依本保護利用管制原則之規定管理之。
二、國家公園範圍內，經國家公園管理處許可，為資源保護、安全維護與教育研究需要，得設置下列設施：
(一)防範森林火災之瞭望臺、防火帶及消防救火等防護設施。
(二)維護登山健行安全之步道安全設施。
(三)生態及人文資源之解說教育設施。
(四)生態及人文資源之研究設施。
(五)景觀眺望良好地點得設置景觀眺望設施。
(六)提供登山健行之合宜住宿、運輸索(軌)道及供水設施。
(七)環境衛生維護之廢棄物處理設施。
(八)其他為保護環境必要之保護設施與治理設施。
(九)無線電及行動電話之通訊設施。
(十)其他必要之公共服務設施及公用設備。
三、生態保護區之土地以保護天然生物社會及其生育環境為主，其資源、土地及建築物之利用應依下列規定：
(一)進入生態保護區，依國家公園法第十九條規定應申請並經國家公園管理處許可後，始可進入。除生態研究及管理人員，遊客非經許可不得離開步道或觀景區。
(二)生態保護區內原有建築物或工程設施之修建、改建或增建，應先徵得管理處之許可；區內除依國家公園法第十八條規定經內政部許可外，禁止新建任何建築物、道路、橋梁或其他工程設施。
(三)區內除為遭受火災、風害、病蟲害及基於修護景緻之殘材處理、林業主管機關為森林保護必要之疏伐外，禁止從事林木伐採與林相變更等改變林貌之行為。
(四)區內得劃定特別動物或植物保護區，並設立管制站。
四、特別景觀區內之土地以保護特殊天然景緻為主，其資源、土地利用及建築物，應依下列規定：
(一)進入特別景觀區，除生態研究及管理人員，遊客非經許可不得離開步道或觀景區。
(二)特別景觀區內原有建築物或工程設施之修建、改建或增建，需先徵得國家公園管理處之許可；區內除為資源保育或遊客安全需要，經國家公園管理處許可外，禁止改變原有地形地物或新建任何建築物、道路、橋梁或其他工程設施。
(三)區內除為遭受火災、風害、病蟲害及基於修護景緻之殘材處理、林業主管機關為森林保護必要之疏伐外，禁止從事林木伐採與林相變更等改變林貌之行為。
五、史蹟保存區內之土地以保存重要史前遺跡、史後文化遺構及有價值之古物為主，其建築物及土地之使用，應依下列規定：
(一)古道、遺址、紀念物及原有建築物之修繕或重建應保存其原有形態，由國家公園管理處擬訂計畫報請內政部許可後施行。
(二)區內除為遭受火災、風害、病蟲害及基於修護景緻之殘材處理、林業主管機關為森林保護必要之疏伐外，禁止從事林木伐採與林相變更等改變林貌之行為。
(三)區內建築物、古道、歷史遺構等之重建、整建等需配合研究調查或考證之結果，以使用原有之建材及營建方式為原則。
(四)區內除解說設施或經核准之紀念碑及紀念性設施外，不得有廣告招牌之設置。
(五)其他有關古道、遺址及發現古物之保存、維護，本管制原則未規定者，依文化資產保存法有關之規定辦理。
六、遊憩區內其建築物及土地之使用應依下列規定：
(一)遊憩區之發展得由國家公園管理處擬定細部計畫，報請國家公園主管機關核定發布實施。
(二)遊憩區內除細部計畫另有規定外，經國家公園管理處許可後，得容許下列設施使用：
1.國家公園管理處及其附屬設施。
2.山莊、旅館、招待所。
3.商店區(小型商店)及自用住宅。
4.遊客中心。
5.展示館。
6.自然生態研習中心。
7.野外育樂區與其他遊憩設施。
8.保安警察第七總隊第六大隊、管理服務站及其附屬設施。
9.服務設施：如加油站、停車場、車站、廣場、醫療設施、郵政電信設施等。
10.供應設備：如電力、通訊設施、供水、下水道、污水處理廠、垃圾處理場、公廁、垃圾桶等。
11.解說設施。
(三)前款各類設施之闢建與設計標準，宜發揮自然性與活動性，配合各該地區地形地物，並著重環境美化，建材與色彩宜與自然環境調和，且避免過多之人工設施。
(四)第二款各類設施建蔽率不得大於百分之六十，建築物高度不得超過三層樓或簷高十點五公尺，興建地下層以開挖一層或四公尺為限。
七、一般管制區，係指國家公園區域內，不屬於其他任何分區之土地，在不違背國家公園計畫目標與方針，准許原土地利用型態，並依據經營管理需要，劃分為一般管制區(一)與一般管制區(二)，其資源、土地與建築物利用應依下列規定：
(一)一般管制區(一)，係指園區內南投縣信義鄉東埔村、同富村之原住民保留地，得另訂定細部計畫，並得劃設以下使用分區，以作為土地使用管制之依據。細部計畫核定實施前其土地使用管制依內政部八十一年十月七日核准公告實施之東埔地區山胞保留地土地使用計畫書圖及計畫分區用地編定，以及玉山國家公園(第三次通盤檢討)計畫書之保護利用管制原則第七點規定辦理。細部計畫核定實施後依其土地使用管制要點管理。
1.部落生活區
2.農業發展區
3.資源保育區
(二)一般管制區(二)，係指一般管制區(一)以外之區域，大部分仍保有完整之自然環境，需維持其自然型態之用地，原農林使用或興建公共設施基本需求。
(三)一般管制區(二)各類設施建蔽率不得大於百分之六十，建築物高度不得超過三層樓或簷高十點五公尺，興建地下層以開挖一層或四公尺為限，建築物之式樣、色彩與構造應配合四周環境景觀並加以美化。
(四)區內林業之經營在不影響區域之生態資源、水土保持與景觀，得為原利用型態，惟其利用範圍、方式、伐採與造林應依國家公園或風景特定區內森林區域管理經營配合辦法等相關規定辦理。
(五)一般管制區(一)細部計畫之擬定、變更，應報請國家公園主管機關審議及核定後公告實施。
八、國家公園區域內礦業之經營管理依國家公園法、礦業法及國家公園區域內礦業案件處理準則規定辦理之。
九、國家公園區域內森林區域之經營管理，依國家公園或風景特定區內森林區域管理經營配合辦法，由國家公園管理處會商林業主管機關或管理機關辦理之。
十、國家公園區域內溫泉之經營管理依國家公園法、水利法及相關溫泉法規定辦理之。
