寵物雖被人類長期飼養照顧，但仍保有喜好追逐獵物的天性與本能，若不限制犬隻進入生態敏感地區（如生態保護區、特別景觀區、史蹟保存區），或者限制攜帶使用鏈繩、箱籠或其他適當防護措施之寵物進入遊憩區、一般管制區或南橫公路沿線等野生動物棲息地或遊客眾多之區域，將可能發生寵物脫離飼主掌控，而去追逐驚擾甚至獵食園區內的野生動物。寵物亦有可能帶有傳染疾病而感染野生動物，致命的病毒也可能在寵物及野生動物間互相感染，不但可能傷害到家中的寵物，也會對園區內珍貴的生態資源造成巨大衝擊，且容易造成人與動物之間的衝突。
至於有居民居住的聚落，為了維持居民正常的生活作息與習慣，將不會受到以上規定的限制。
為維護園區內野生物自然生態、遊客(及寵物)生命安全及健康，降低各種人畜共通傳染病之感染風險，國家公園法第13條第8款暨玉山國家公園區域內禁止事項第13點規定：「禁止攜帶寵物進入生態保護區、史蹟保存區及特別景觀區（南橫公路沿線除外）。除聚落範圍外，禁止攜帶未使用鏈繩、箱籠或其他適當防護措施之寵物進入遊憩區、一般管制區或南橫公路沿線。」。違者處以最高新臺幣3000元之罰鍰。
關於『玉山國家公園區域內之禁止事項』詳見連結。
