臺灣黑熊(Ursus thibetanus formosanus)是臺灣唯一原生熊類動物，兼具重要之生態角色及保育功能，目前列為「野生動物保育法」之瀕臨絕種保育類野生動物。玉山國家公園為國內目前唯一已知的臺灣黑熊高密度代表族群，且為國內長期研究此物種的樣區，是臺灣黑熊生態習性及保育科研資料累積最豐富的區域。執行計畫內容包括：(1)建構全園區臺灣黑熊及中大型哺乳動物族群相對豐度及時空分布之長期監測系統；(2)利用歷年人造衛星資料或相機資料，進行全園區植群分析，釐清黑熊出現熱點之實際植被及棲地環境因子，與黑熊活動範圍或棲地利用之關聯性；(3)發展以臺灣黑熊毛囊細胞為材料之非侵入性遺傳檢測技術，作為未來野外黑熊族群監測技術之依據；(4)延續前期公民科學家、志工參與保育臺灣黑熊之監測，並召開公民科學家成果發表會。
自動相機監測於2022年4月5日至2024年3月26日共記錄包含臺灣黑熊等12種臺灣原生中大型哺乳動物。監測到黑熊的自動相機比例近三分之二，共記錄到261筆黑熊有效影像資料，出現指數(OI值)為0.42。黑熊OI值大於0.5的樣點高達26.3%，最高者為D11s阿桑來嘎西稜(3.56)。其它中大型動物出現指數依高至低為臺灣水鹿(OI=22.33)、臺灣山羌(OI=13.25)、臺灣獼猴(OI=7.80)、臺灣野豬 (OI=2.45)、臺灣野山羊(OI=2.24)、黃喉貂(OI=1.24)、白鼻心(OI=0.77)、鼬獾 (OI=0.72)、黃鼠狼(OI=0.54)、食蟹獴(OI=0.18)，以及臺灣穿山甲(OI=0.003)，非臺灣原生物種，則記錄到家犬(0.003)。監測期間共記錄到11組母子熊組成，有9成出現於東部園區。
占據模型使用持續6個月調查季的相機資料進行分析，黑熊有效影片數為96筆，偵測到黑熊的樣點為45%，未納入變量的空模型(ψ(.)、p(.))占據率為0.57 (SD=0.08)，偵測率為0.14 (SD=0.02)。占據率與變量呈負相關趨勢者為海拔，呈正相關趨勢的變量為地形位置指數(TPI)，與聚落最近距離小於7.5 km時，占據率隨著與聚落距離越遠而增加，但距離大於15 km時，占據率隨著與聚落距離越遠而減少。就占據率預測圖來看，黑熊占據率較高且範圍連續的區域有三區：(1)園區東部拉庫拉庫溪流域，也是高占據率面積相對最大且連續的範圍，屬於花蓮縣卓溪鄉，(2)中央山脈西側荖濃溪一帶和楠溪林道，以及(3)園區北側郡大無雙和盆駒山一帶。
黑熊痕跡調查中，沿線調查共紀錄175個熊痕跡，分布介於海拔466-3,412 m，海拔1,000-2,000 m紀錄之熊痕跡佔63.1%。共完成30條穿越帶調查，樣帶內有熊痕跡的比例為83.3%，熊痕跡密度10.4±10.3個/ha，海拔1,500-2,000 m密度最高(17.5±11.7個/ha，n=12)。園區東部(11.6±8.6個/ha，n=19)及西部(8.5±13.0個/ha，n=11)的穿越帶熊痕跡密度無顯著差異。與早期研究比較，本研究之樣帶有熊痕跡比例及熊痕跡密度皆較高，但未呈顯著差異。共記錄辨識出31種熊樹(有黑熊爬上樹的痕跡，常與其覓食行為有關)，半數為殼斗科(n=10種)及樟科(n=7種)；蜂窩食痕則大部分出現在針葉樹種為優勢的森林類型中。
人造衛星追蹤6隻臺灣黑熊之100%MCP活動範圍介於38.9-257.3 km2不等，平均為141.9±91.3 km2，95%wAKDE估計範圍平均為140.4 ±75.3 km2。全數個體活動範圍均涵蓋國家公園以外區域，分布於園區東部(拉庫拉庫溪流域)或西部(荖濃溪和楠梓仙溪，以及陳有蘭溪上游)的個體活動範圍並無任何重疊，但各區的個體則彼此廣泛重疊，100%MCP重疊率為5.4-100%，平均重疊率38.0±29.9%。活動模式顯示臺灣黑熊多於白天活動，且有晨昏活動高峰。於櫟實季(10-12月)在夜間的活動量有增加的現象。
綜合資源選擇函數結果顯示，黑熊對於崎嶇的地表有顯著選擇性，對於海拔和道路距離(對數變換)則有顯著負相關，另相較於闊葉林，對其他森林覆蓋類型有顯著的趨避性。棲息地適合度預測顯示較適合黑熊分布的地區有4區：玉山國家公園東南部的拉庫拉庫溪流域附近、中央山脈以西的楠梓仙溪流域、園區北部的陳有蘭溪和無雙山一帶、以及西南部的南橫公路以南區域。
以無線電人造衛星追蹤記錄之15隻臺灣黑熊定位點，運用k-means分群法搭配棲息地適合度預測分級，劃分黑熊活動熱區及非熱區，作為主要植物樣區調查地點。本研究共設100個10 × 25 m²的樣區，進行森林植群與環境因子的調查。利用雙向指標種分析(Two - Way Indicator Species Analysis, TWINSPAN)、降趨對應分析(Detrended Correspondence Analysis, DCA)及典型對應分析(Canonical Correlation Analysis, CCA)，探討植物社會與環境因子之間的關聯性。在調查過程中共記錄了121科330屬595種維管束植物，並依據特徵種與優勢種，將樣區劃分為9個植群類型：厚葉柃木-臺灣鐵杉群叢(Eurya glaberrima - Tsuga chinensis var. formosana association)、臺灣華山松-臺灣二葉松群叢(Pinus armandii var. mastersiana - Pinus taiwanensis association)、臺灣紅榨槭-臺灣赤楊群叢(Acer morrisonense - Alnus formosana association)、臺灣山桂花-臺灣赤楊群叢(Maesa perlaria var. formosana - Alnus formosana association)、青剛櫟-細葉饅頭果群叢(Quercus glauca - Glochidion rubrum association)、鵝掌柴-臺灣肉桂群叢(Schefflera octophylla - Cinnamomum insularimontanum association)、長葉木薑子-大葉石櫟群叢(Litsea acuminate - Lithocarpus kawakamii association)、細枝柃木-長葉木薑子群叢(Eurya loquaiana - Litsea acuminate association)、巒大花楸-臺灣冷杉群叢(Sorbus randaiensis - Abies kawakamii association)，徑級結構分析結果顯示，樣區內森林多為演替後期的成熟森林。典型對應分析結果指出，海拔、坡向、土壤含石率及土壤pH值等四個環境因子與植群類型之間的相關性達到極顯著水準。比對臺灣黑熊的食性資料與樣區植群組成，推測臺灣黑熊的植物資源利用模式，殼斗科(Fagaceae)大致為10至12月、樟科(Lauraceae)為6至9月，薔薇科(Rosaceae)則較為分散。並利用第四次森林資源調查及樣區資料之殼斗科、樟科重要值指數進行植相與臺灣黑熊季節性活動的初步探討。本研究結果提供了臺灣黑熊對棲地植群偏好的生態學依據，並為未來保育措施的制定提供證據支持。
本研究已建立新鮮臺灣黑熊毛髮樣本DNA抽取標準操作流程，並執行新鮮熊毛於高海拔環境降解試驗，確認以週次為一循環收集熊毛，仍可提取出可進行個體鑑別之足量基因組DNA。於楠溪林道與瓦拉米步道的共架設完成野外熊毛陷阱6處，兩樣區各執行4次樣本採集，每次循環一個月，共採集楠溪毛髮樣本65份與瓦拉米毛髮樣本28份，經物種鑑別後確認於楠溪(n=7筆)與瓦拉米(n=15筆)共採集22筆黑熊樣本，顯示鐵刺網與大力膠帶陷阱採集法，雖具有較低的物種專一性，採集之毛囊DNA卻仍具進行個體鑑別的能力。將熊毛樣本與過往捕捉繫放個體及救傷個體之基因庫進行親屬關係比對，結果顯示部分個體具有潛在的手足關係。此外，團隊亦執行國外微衛星標記的可利用性評估，顯示16組微衛星標記中有6組可以有效反應臺灣黑熊族群遺傳多樣性，並且具有大雪山黑熊族群與玉山黑熊族群的鑑別能力，可配合原本自臺灣黑熊基因組中開發的8組微衛星基因座，提升黑熊族群遺傳及其他地區亞洲黑熊親緣地理分析中的細緻度，以其應用於未來相關保育經營管理作業。
玉山國家公園經長年的調查資料顯示轄區臺灣黑熊呈穩定成長的族群趨勢，提供瀕危物種族群復育的正向進展。雖然尚無充分證據表明全島臺灣黑熊族群已脫離險境，但公眾的日益關注和更積極有效的管理正在為實現未來的保育目標奠定良好的基礎。除了維繫原本高品質的自然棲地環境和落實國家公園鄰近地區生態緩衝區功能的長期目標之外，建議系統性地持續族群監測計畫，並於族群相對豐度較高的熱區和其鄰近的轄區外區域，持續擴大和深化鄰近聚落的友善黑熊教育宣導，並鼓勵地方社區參與生態監測和相關決策，以及強化不同相關管理單位之間的合作，以協力落實相關經營管理措施和統籌運用保育資源。