玉山國家公園目前調查計有四百二十六種單子葉植物,一千四百九十七種雙子葉植物,二十八種裸子植物,四百四十一種蕨類植物,一百七十七種苔蘚類植物,一百四十七種菌類植物。以下列舉部分裸子植物、被子植物資料,詳細內容請參閱玉山芳華
裸子植物
 
粗榧科
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柏科
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松科
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