맑은 물이 풍부한 옥산 국립공원은 광대한 집수지로서, 대만의 중부, 남부, 동부의 큰 하천인 탁수계곡, 고병계곡, 수고만계곡의 발원지이다.

국립공원내에 흐르는 란계곡, 군대계곡, 남재선계곡, 배농계곡, 랍고랍고계곡의 상류는 모두 협소한 V자형 모양을 보이고 있으며, 그 중 금문동 절벽에는 란계곡의 수원이 있다.또한 단층이 지나가면서 뚜렷한 두부침식을 보이고 있는데 이는 국립공원 지형상의 큰 특색이라고 할 수 있다.

운용폭포, 을녀폭포는 하천 상류의 현곡식 폭포로서, 그 특이한 경치를 보기 위해 많은 사람들이 이곳을 찾고 있다.

그밖에도, 고산 지역은 기복이 심한 지형과 풍부한 강우량으로 인해 종종 오목한 지역에 물이 고이게 되는데, 그 오목한 지역 아랫쪽의 혈암층이 비교적 촘촘하고 물이 스며들지 않는 암층이라서 고산 호수가 형성되게 된다, 중앙산맥의 대수굴, 탑분지, 가명호, 남횡의 천지가 모두 그러하다. 이러한 호수는 등산객의 샘물이 된다, 그러나 호수를 둘러싼 사면이 높기 때문에, 일단 오염이 되면 회복되기가 어렵고, 생태계가 가장 취약한 곳으로 특별히 보호해야 할 필요가 있다.