아열대 기후인 대만에서 옥산국립공원은 그 중앙에 위치하고 있다.  해발은 동부의 랍고랍고계곡의 300미터에서 옥산 주봉인 3,952미터까지 차이가 많고 따라서 이 지역의 기온은 해발에 따라 크게 변한다. 해발 3,500미터 이상 지역의 연평균 기온은 섭씨 5도이며, 강설시기는 12월부터 그 다음해 4월까지이나 강설량이 많지는 않다. 해발 2,500미터 이상 지역의 연평균 기온은 섭씨 10도이며, 강설빈도는 그해 시베리아 기압골의 영향과 강도 및 습도 등의 요소에 따라 결정된다.

이 지역은 강우량이 풍부하여, 연간 강우량은 3,000에서 4,700밀리미터이며, 우기는 5월에서 9월 사이에 집중된다. 그렇기 때문에 매년 10월에서 12월까지의 건조기가 등산하기에 비교적 적합하며, 1월에서 3월에는 고산 지역에 눈이 쌓여있기 때문에 우수한 설산등반장비가 없으면  올라가기가 어려우며 사고가 발생하기 쉽다. 국립공원에서 해발 2,000미터 이상의 지역은 일년 사계절의 날씨가 분명한데, 봄에는 새싹이 나며, 여름에는 꽃들로 뒤덥히고, 가을에는 붉은 단풍이 들며, 겨울에는 눈이 내린다. 구름과 안개의 변화와 아침의 풍경과 석양 등 시시각각 변하는 모습이 신비롭다. 이러한 자연 경관의 변화 역시 관광객들이 찾아오는 주요 이유중의 하나이다.