水系についても特色があります。玉山国立公園は良好かつ広大な集水地区で、台湾中、南、東部の大河である濁水渓、高屏渓、秀姑巒渓の水源地であります。区内には陳有蘭渓、郡大渓、楠梓仙渓、(草冠に老)濃渓、拉庫拉庫渓があり、狭いV字型の渓谷が無数にあります。その中の金門(山+同)断崖は陳有蘭渓に源を発しており、断層が浸食されてできたもので、公園内でも特色ある地形です。また、雲龍滝、乙女滝は壮観な景観をなし、多くの観光客を引き寄せます。この他にも、高山は地勢の起伏に富んでおり、窪地には豊富な雨水がたまり、水を浸透させない頁岩でできている場合には、そこに水がたまり、湖のようになります。中央山脈の大水窟、塔芳池、嘉明湖、南部横貫公路の天池などがそうです。これらは登山者にとって良質な泉ですが、四方を山に囲まれていますので、一旦汚染されてしまうと回復することはとても難しいです。もっとも脆弱な生態系とも言えるでしょう。訪問者のすべてが特別に注意して保護していかなければならないものです。